没有经过腐熟的粪便直接施入土壤内，一是遇水发酵产生高温容易烧根烧苗。二是微生物参与发酵而大量活动，消耗氧气，造成土壤缺氧，将会致使生长较弱的作物死亡。三是粪便在发酵时会产生臭味，招徕蝇蛆，危害作物生长，臭味还能污染环境。四是粪便中含有大量尿酸，未经腐熟转化，直接接触种苗，将会抑制种苗生长。五是没有腐熟的粪便，在土壤中发酵，挣夺土壤原有的氮素养分，造成微环境内瞬时缺氮，影响种苗生长。所以要施用充分腐熟的有机肥料，才能保证作物生长发育良好。
不同的动物粪便，因其饲料和消化性能不同，饲料养分不同。畜禽粪便与秸秆养分含量差别更大。特定的微生物为了进行活动，对物料中含碳和氮的比例有一定要求，确保微生物活动适宜的比例是25:1如果碳过多，不利于微生物活动，使腐熟过程缓慢，有机质损失过多，秸秆等物料碳氮比为60-100:1，必须加入含氮高的物料，使物料碳氮比下降为40-50:。纯鸡粪含氮高的物料认为加入秸秆，锯末等含碳高的辅料，提高物料的碳氮比。在物料中加入少量磷肥，不仅可以增加微生物活动，促进腐熟，还可以较少生物有机肥产品中的氮素损失。
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