一、选择质量合格，过期不能用。菌肥必须保存在低温(适温度4～10℃)、阴凉、通风、避光处，以免失效。有的菌种需要特定的温度范围，如哈茨木霉菌需要保存在2-8℃的恒温箱内，有效期为一年，而一些芽孢杆菌要根据生产质量高低，主要是看芽孢化水平，芽孢化高的能保存一年半甚至更久，芽孢化不好的达不到半年就失效，所以菜农应谨慎选择菌肥产品。
不可以贪图便宜选择过期产品，这样的生物菌含量很少，失去功效，一般超过两年的生物菌肥要慎重选择。
二、根据菌种特性，选择使用方法。
建议大家在使用生物菌肥的时候，基施可用方法有：撒施、沟施、穴施，也可以撒施一部分，剩余部分可以穴施效果更佳。
不建议冲施生物菌肥，这样效果不佳，但是可以灌根，主要针对液体生物菌肥。
三、尽量减少微生物死亡。
施用过程中应避免阳光直射;蘸根时加水要适量，使根系完全吸附。蘸根后要及时定植、覆土，且不可与农药、化肥混合施用，特别是现在很多菜农为防治根茎部病害，使用农药灌根，如多菌灵、恶霉灵、硫酸铜等药剂，真菌、细菌都能防治，但对菌肥中的有益菌也有杀灭作用，所以建议使用菌肥后不要再用农药灌根。
四、为生物菌提供良好的繁殖环境。
菌肥中的菌种只有经过大量繁殖，在土壤中形成规模后才能有效体现出菌肥的功能，为了让菌种尽快繁殖，就要给其提供合适的环境。
1、适宜的PH值。一般菌肥在酸性土壤中直接施用效果较差，如硅酸盐细菌需要在PH7-8土壤中生存，所以要配合施用石灰、草木灰等，以加强微生物的活动。
2、微生物生长需要足够的水分，但水分过多又会造成通气不良，影响好气性微生物的活动，因此必须注意及时排灌，以保持土壤中适量的水分。
3、生物肥料中的微生物大多是好气性的，如根瘤菌、自生固氮菌、磷细菌等。因此，施用菌肥必须配合改良土壤和合理耕作，以保持土壤疏松、通气良好。
五、使用生物菌肥必须投入充足有机肥。
有机质是微生物的主要能源，有机质分解还能供应微生物养分。因此，施用生物肥料时必须配合施用有机肥料，所以菜农在使用菌肥时应与粪肥等有机肥一起施用，不但可加快有机肥的腐熟速度，而且能促进菌群的形成，提供菌肥的肥效。因此，必须供应充足的氮磷钾及微量元素。例如豆科作物生长的早期，必须供应适量的氮素，以促进作物生长和根瘤的发育，提高固氮量;施磷肥能发挥“以磷增氮”的作用;适量的钾钙营养有利于微生物的大量繁殖;钼是根瘤菌合成固氮酶必不可少的元素，钼肥与根瘤菌肥配合施用，可明显提高固氮效率。分享来自新未来生物技术。
六、生物菌不宜与氮磷钾大量元素肥料共同使用
生物菌适合与有机质共同使用，但是与氮磷钾等复合肥料共用，能杀死部分微生物菌，降低肥效。
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