目前，有机肥料无害化处理主要有物理方法、化学方法和生物方法三种。物理方法如曝晒、高温处理等，化学方法是用化学物质除害(在有机食品生产中不能采用)，生物方法如接菌后的堆腐和沤制等。
一、物理方法
1.暴晒法：就是利用太阳光中紫外线的杀伤作用，清除有机肥料中的病毒、寄生虫、恶臭物质等，如秸秆肥还田前、堆肥堆制前、畜禽肥出圈后、沼渣肥施用前、人粪尿施用前的曝晒处理等。该方法简便易行，省工省时，但养分损失大，易污染环境，且处理效果较差。
2.高温处理法：主要适用于堆肥，是利用有机物质分解释放出的能量来提高温度，以杀死肥料中的病虫。高温堆肥应掌握以下技术条件：
(1)堆制堆肥要求含水量是干材料的60%～75%，即用手紧握材料时能有水滴挤出，表示水分适度。
(2)在堆肥堆制前期，要保持良好的通气条件，必要时可设通气塔、通气沟等，后期要保持厌气条件，可拆除通气塔、堵塞通气沟等，可压紧、封泥，以保存养分和促进腐殖质的积累。
(3)堆肥内部温度可控制在50～60℃。当温度高于65℃时，可翻堆或加水降温，以利于氮素的保存。
(4)要求堆肥材料的碳氮比为25∶1，以有利于微生物对有机物质的分解。
(5)控制适宜的pH值。在堆制堆肥时，每50公斤秸秆加入1～1.5公斤的石灰等碱性物质，以将堆肥的pH值调节在7.5左右。高温堆肥的卫生标准是蛔虫卵死亡率达95%～100%，有效控制苍蝇孳生，堆肥周围没有活的蛆、蛹或新羽化的成蝇，然而这个方法持续时间长，效率慢，现在有新型的处理方法。
二、生物方法
利用生物方法对有机肥料进行无害化处理，新概念肥是什么肥料在有机食品生产过程中常采用。由于使用的微生物不同，有机肥无害化处理的堆、沤方法也有很多。
粪便收集与配制。收集新鲜粪便、拣净杂物、捣碎。按新鲜粪便70%，玉米粉15%、谷糠10%、麦麸5%、金宝贝饲料发酵剂1‰左右，添加物料，充分搅拌，混合均匀。
水分调整。粪便发酵为猪饲料属厌氧发酵法，要求发酵原料含水量在60～65%，新鲜湿粪便加10%左右的麸皮，其含量基本能达到60～65%的要求;干燥的粪便需要用水自然浸润。水分适宜含量判断方法：手紧抓一把物料，指缝见水印但不滴水，落地能散开为宜。
密封发酵。将混有金宝贝饲料发酵剂的粪便装入塑料袋、筒或能完全密封的池子等容器，密封发酵2~3天即可完成，冬天时间略长一点 金宝贝粪便发酵剂将粪便发酵成有机肥的六大操作步骤：(耗氧发酵) 步骤一：拌匀发酵剂。1～1.5吨干粪便(鲜粪便约2.5～3.5吨)加一公斤粪便发酵剂，每公斤的发酵剂平均加5～10公斤米糠或玉米、麸皮，搅拌均匀后撒入已准备好的物料中，效果佳。 步骤二：调剂碳氮比。发酵肥料的碳氮比应保持在25～30：1，酸碱度调到6～8(ph)为宜，因粪便的碳氮比偏高，应在发酵时加入一些秸秆、稻草、蘑菇渣等一起发酵。 步骤三：调节粪便水分。发酵有机肥料的过程中，水分含量是否适宜非常重要的，不能太高，也不能太低，应保持在60～65%，判断方法：手紧抓一把物料，指缝见水印但不滴水，落地能散开为宜。 步骤四：粪便建堆。在做发酵堆时不能做的太小太矮，太小会影响发酵，高度一般在1.5米左右，宽度2米左右，长度在2～4米以上的堆发酵效果较好。 步骤五：拌匀通气。金宝贝肥料发酵助剂是耗氧性微生物，所以在发酵过程中应加大供氧措施，做到拌匀、勤翻、通气为宜，否则会因为厌氧发酵影响物料发酵效果。 步骤六：发酵完成。一般在粪便堆积48小时后，温度会升至50～60℃，第三天可达65℃以上，在此高温下翻倒一次，一般情况下，在发酵过程中会出现2～3次65℃以上的高温，翻倒2～3次即可完成发酵，正常一周左右可发酵完成，使物料彻底脱臭、发酵腐熟，灭菌杀虫。
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