发酵床在正式启动之后，其重点是发酵床在运行过程中的日常管理和后期维护。
通风在发酵床的日常管理中占着很重要的作用，通风不良对于发酵床的影响是很大的：
1.粪便分解慢或者不分解。通风不良会导致只有少量或没有热量产生，垫料温度低，这主要因为发酵床的菌种大部分是好氧菌，如果圈舍缺氧，微生物活动会受到很大的抑制。
2.湿度加大或者水珠返滴。对于正常运行的发酵床，因为分解过程中会产生大量水蒸气，二氧化碳等气体，需要及时或者定时排出舍外，如果通风不良，冬季圈舍容易起水雾， 水蒸气上升遇透气不良的房顶材料会容易凝结水珠甚至滴到发酵床上，造成发酵床表面潮湿，通气不良。
3.舍内闷热或感冒受凉。冬季通风不好，会导致舍内温度上不去，容易使猪感冒受凉，夏季通风不好，容易导致圈内散热慢，影响猪的生长。
如何采取有效的通风办法呢?圈舍内的透气性受很多因素的影响，夏冬不一样。南北不一样，干湿地区也不一样，所以要因时因地，采取合理有效的办法。
1.朝向结构要合理。猪圈好是坐北朝南，南北通透，有一定跨度和高度，建在位置较高的地方等。
2.确保“四窗”齐全。有条件的大中型养殖业要整体考虑常规窗户，天窗，地窗。引风机窗(小规模的也要有考虑天窗和常规窗户) ，自然通风与机械通风兼备。
3.及时撬动翻倒。对发酵床要及时定时撬动翻倒，目的是提高垫料的透气性，防止垫料过于板结造成局部或短暂的厌氧发酵，撬动过程中能散失大量的水气，可有效降低发酵床的水分和热量。翻倒时尽量打开窗户和引风机使水分快速散失。冬天也要湿度抽排空气。
4.水泥砖墙隔板改铁栅栏。增加圈舍通风性能还要减少各种不合理设施对空气流动的阻滞性，如各栏之间原来用来砖墙隔开的，应改为用铁栅栏或带孔砖隔开，可以大大减少空气流动阻力，也减少空气流动死角。
由于做好了通风透气的工作，再加上其他配套设施，发酵床的安全，持续，稳定运行就有了保障。
