正常情况下为防止菌种长时间暴露在自然环境中因没有充足水分和营养而长期处于休眠状态，造成失活或者发酵能力下降的情况出现，需要做好计划，在畜禽上床的前几天做好发酵床，以达到现做现用的要求。但是在实际畜禽圈舍的建造过程中，难免遇到需要提前铺床，并且较长时间后才能上床养殖的问题，所以本文就解决这样的问题给出合理的建议和解决办法。
一、先铺设中下层锯末和菌种。
一般完整的铺设方法是一层锯末一层菌种，后一层锯末上部的菌种多，因为上层是接触粪尿多的地方，所以菌种要求比例较高。如果长时间不上畜禽，表层中的菌种无法获得水分和营养，再加上风吹日晒等自然条件，容易造成失活。所以建议先铺设中下层锯末和菌种，上面20公分左右不用撒菌种，在后期上畜禽前再上菌种。菌种处在锯末中下层也就是20公分以下时，该深度下对于菌种来说生存环境比较稳定，适宜生存，唯一的不足就是营养和水分比较缺乏，此时菌种绝大部分会处于休眠状态，能够长时间生存。到畜禽上床前，需要撒两遍菌种，第一遍撒过后进行翻倒，然后再撒一遍，之后直接赶畜禽上床即可。
二、只铺设锯末。
或者只铺设锯末达到需要的厚度即可，菌种待畜禽入舍前再加入垫床。这样做有利于维持菌种活性，唯一不便就是较为费力。具体操作，需要撒一层菌种进行深翻，30公分以下。再撒一层菌种进行表层翻倒20公分左右。后后在上层撒一层菌种。即可赶畜禽入舍。菌种在锯末中会进行生长繁殖，在日常管理翻倒时会因为翻倒逐步均匀的扩散到锯末中。也不会影响正常的发酵。正常的铺设方法是为了便于发酵床快速启动，提高菌种的繁殖率，提高发酵床的发酵效率。
发酵床好是现做现用，这样不仅省时省力，也不会影响发酵床的使用效率。应该在建设前做好相应的规划，将发酵床垫料和菌种的铺设作为后环节，这样完成圈舍建设后即可入群养殖。在遇到需要提前铺床的情况时，要结合实际情况，缩短待床时间这样不仅对菌种好，对锯末也是好，避免杂菌入床导致发酵床发霉和竞争性抑制菌种的生长。
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