微生物在农业上的作用已逐渐被人们所认识。经济作物类、大田作物类、果树蔬菜类、苗木花奔、药材等均适宜，并且用法简单多样，可作底肥，也可追肥使用。
1、菌肥单施，忽视了与肥料混用。
有些菜农认为，菌肥不能与化学肥料混用，混用后高浓度的化学物质会杀灭菌肥中的活性菌，因而菌肥就失去了其意义，这个问题其实不用担心。菌肥中微生物活力强大，除了不宜与碳酸氢铵等化肥混用外，与其它化肥混用还有不少好处。如过磷酸钙施易被土壤固定而失效，与菌肥混合后施用，减少了化肥与土壤的接触面，减少养分的固定，同时化肥也可以被菌肥吸收保蓄，减少养分流失。而且，单独施用较大量化肥或化肥施用不均匀时，容易对作物产生毒副作用，若与菌肥混合后施用，则不会发生此类问题。同时，因为化肥只能为作物提供一种或几种养分，长期施用，作物会产生缺素症，而微生物菌肥含有大量的有益微生物，能够改善土壤理化性状和微生态区系，增强土壤中酶的活性，有利于养分转化。另外，微生物菌肥作追肥进行冲施时，因自身营养含量不是太高，若单用则可能不足以满足作物正常生长的养分需求，所以好与化肥混合使用。
2、加大菌肥用量，忽视氮、磷、钾的添加。
这种做法其实并不科学。微生物菌肥能够改良土壤结构，为作物和土壤微生物生长提供良好的营养和环境条件，施入较多的菌肥，也不会出现烧根烧苗现象，但并不是越多越好。这是因为氮、磷、钾是作物生长所需要的大量元素，而生物菌肥富含生物菌，含有作物所需的这些元素并不是太多，生物菌肥的作用是解磷解钾，帮助作物更好的吸收那些被大量浪废的氮磷钾等元素（请注意：化肥的利用率只有30%左右，而70%左右的氮磷钾都白白浪废了，菌肥中微生物的重要作用就是将这被浪废的氮磷钾重新利用，为用户省钱）。而当土壤中营养元素缺乏时，即使施用菌肥再多，农作物的产量也不会再增加多少，因为“麻袋绣花，底子太差”。因此，不可盲目依靠大量施用生物菌肥来求得增产，正确使用微生物菌肥的用量，大田作物一般是一亩地2公斤（或依据不同地块养分情况增加用量，详情应咨询），经济作物、果蔬类在土壤养分够用和成本能承受的情况下可以成倍增加用量。
3、认为菌肥防死棵万能，忽视了其它防治措施。死棵是近年来棚室蔬菜相对比较突出的病害。随着菌肥的不断推广应用，很多菜农穴施菌肥有效地控制住了蔬菜死棵的发生发展，于是生产中不少菜农就将使用菌肥作为抑制蔬菜死棵的唯一措施，其实这种做法产不是太正确。菌肥的确可以起到以菌抑菌的防病效果，但是菌肥并不是农药，不能达到农药防治病害的所有效果。一旦发生病害，特别是根茎部病害，还是要使用药剂对症用药进行防治，不可过分依赖菌肥的防病功效。
使用生物菌肥对于农作物的增产增收、培肥地力、增强抗逆、早熟高产、降本增效有相当明显的效果的，是是农民朋友致富的好帮手，所以科学、正确、合理使用微生物菌肥定能助您丰收高产。
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