金宝贝微生物菌肥在提高土壤肥力、防控根部病害、提高产品品质等方面作用显著，但是使用不当效果会大打折扣。因此使用金宝贝微生物菌肥一定要注意一下几方面：
一注意：不能与化学农药混用，否则会降低金宝贝微生物菌肥中含有活菌成分，将金宝贝微生物菌肥与杀细菌药剂混合使用且长时间放置，极易影响菌的活性降低并造成部分菌死亡。
二注意：重视用量，若用量不足效果会打折扣使金宝贝微生物菌肥产品能取得好的效果，前提是要用足量。土壤中的微生物种类繁多、数量巨大，接种的外来有益菌要形成优势菌群，需要经历来自环境的考验和土壤原有微生物的竞争，为了促进有益菌的繁殖，需要人为创造有利于有益菌生长的条件，如改良酸化土壤，调整土壤酸碱度;增施有机肥，提高土壤物理性状;增加微生物菌的数量等。
三注意：使用方法不当，金宝贝微生物菌肥使用方式灵活多样。液体菌剂，可以用来拌种、浸种、喷施、蘸根、灌根;固体菌剂，可以用来拌种、蘸根、混播、混施。不同的使用方式对效果有一定的影响，应避免在土壤表层撒施、高温强光下喷雾。做底肥、沟施、穴施、灌根使用时，采取局部用肥的方法，有利于肥效的发挥。与未腐熟的畜禽粪混合使用时，腐熟过程中的高温对菌剂活性和数量会产生影响。因此，建议将畜禽粪腐熟后再混用。为更好的发挥金宝贝微生物菌肥效果，避免单一方式的使用，建议根据菌种的特性将以上方法组合使用。
金宝贝微生物菌肥作用的发挥是建立在菌繁殖的基础上的。繁殖需要时间，为了更好发挥肥料效力，应避免在作物已经出现脱肥或需肥高峰期使用。应将用肥时间提前到种植前或需肥高峰期来临前10-15天。
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