一、发酵过程中有机质的转化
使用金宝贝发酵剂堆肥发酵，有机质在微生物菌作用下进行复杂的转化，这种转化分为两个过程：一个是有机质的矿质化过程，把复杂的有机质分解成为简单的物质，并生成二氧化碳、无机化合物和水等;另一个是有机质的腐殖化过程，即有机质经分解再合成，生成更复杂的特殊有机质—腐殖质。两个过程是同时进行的。
1.有机质的矿化作用
⑴微生物菌对含氮有机物的分解
堆肥中的氮有机物可分为两种类型：一是蛋白质类型，如各种类型的蛋白质(氨基酸、生物碱等);二是非蛋白质型，如尿素和叶绿素等。这些含氮的有机物在金宝贝微生物菌作用下发生水解、氨化、硝化及反硝化过程，终分解为无机态氮，可以被作物吸收。
⑵微生物菌对含磷有机物的转化
堆肥中有机态磷经微生物菌的作用，分解为无机态可溶性物质后，才能被植物吸收利用。 有机磷主要由核蛋白、核酸、磷脂、核素等组成、这些物质在多种微生物菌作用下，分解的终产物为正磷酸及其盐类，可供植物吸收利用。 在厌氧条件下，很多厌氧性微生物菌能引起磷酸还原作用，产生亚磷酸，并进一步还原成磷化氢。
⑶微生物菌对含硫有机物的转化
堆肥中含硫的有机化合物如含硫蛋白质、胱氨酸等，经微生物菌的腐解作用产生硫化氢，该物质在厌氧环境中易积累，对植物和微生物菌会发生毒害，但通气好氧气充足的条件下，在硫细菌的作用下氧化成硫酸，并和堆肥中的盐基离子生成硫酸盐，不仅消除硫化氢的毒害，而且还能成为植物易吸收的硫素养分。堆肥发酵过程中，可以通过定时翻倒措施改善堆肥的通气性，就能消除反硫化作用。
由此可见，微生物菌在堆肥有机质的矿质化起着至关重要的作用，物料矿质化后可为作物提供可被吸收的氮磷钾等速效养分、为微生物菌活动提供能源，并为堆肥有机质的腐殖化做好准备。金宝贝肥料发酵剂以好氧性微生物菌活动为主时，有机质迅速矿化生成较多的二氧化碳、水及其它养分物质，分解速度快而彻底，并放出大量热能，可以杀灭有害菌、虫卵、草籽;以厌氧微生物菌活动为主时，有机质的分解速度慢，且不彻底，释放热能少，其分解产物除植物养分外，还有机酸及CH4、H2S、PH3、H2等还原性物质的累积，当其达到一定程度时，则对作物有害。因此为了消除有害物质发酵期间的翻倒尤为重要。
2.有机质的腐殖化过程
分为两个阶段：第一阶段，有机残体分解提供了组成腐殖质分子的原始材料，如多元酚、含氮有机物(如氨基酸、多肽等)及其它的矿质化中间产物等 ;第二阶段，由微生物菌分泌的多酚氧化酶将多元酚氧化成醌，醌再与氨基酸或肽缩合而成腐殖质的基本结构单元，然后在微生物菌及其分泌酶作用下，与其它结构单元进一步缩合形成复杂而稳定的腐殖质。这里所述的只是形成腐殖质的可能途径，实际上腐殖质的形成、组成和性质远远比上述模式要复杂的多。
二、发酵过程中的重金属转化
重金属一般指汞、铬、镉、铅、砷等。微生物菌特别是细菌、真菌在重金属的生物转化中起重要作用。通过直接和间接的作用去除物料中的重金属，有助于改善土地。
三、堆肥发酵工艺
堆肥发酵需要一定的湿度、通气量、碳氮比、启动温度等。温度要高于60℃，保持这种高温可以使病原菌失活，并杀死害虫卵及杂草种子。堆肥发酵后臭味可以大大降低。
发酵过程有许多不同种类的微生物菌参与。由于原料碳氮比和环境条件的变化，各种菌的数量也在不断发生变化，所以发酵过程中没有任何菌始终占据主导地位。每一个环境都有其特定的微生物菌群，金宝贝发酵剂中微生物菌的多样性使得堆肥在外部条件出现变化的情况下仍可避免系统崩溃、能加速堆肥反应的进程，缩短堆肥反应的时间。
使用金宝贝发酵剂发酵过程中微生物菌的种群随温度的变化发生如下的交替变化：低、中温菌群为主转变为中高温菌群为主，中高温菌群为主转化为中低温菌群。随着堆肥时间的延长，细菌逐渐减少，放线菌逐渐增多，霉菌和酵母菌在堆肥的末期显著减少。
发酵过程中，必要时应进行翻堆。一般在堆温越过高峰开始降温时进行，翻堆可以使内层外层分解温度不同的物质重新混合均匀。如湿度不足可补加一些水，促进堆肥均匀腐熟。
发酵过程中的各种有机无机物的转化、微生物的繁殖灭亡都是同时进行的，上面几个方面是从不同角度对金宝贝发酵剂发酵原理进行了简单介绍。传统的堆肥需要2个月甚至半年，而使用了金宝贝肥料发酵剂，并在合适的碳氮比、温度、湿度、水分，物料堆积体积大小等条件下，可以在两周之内完成。
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